Saint Jean Pied de Port est partagée en « ville haute » qui se situe sur la rive droite de la Nive et l'autre enceinte est l'agglomération de la rive gauche.

Saint Jean Pied de Port veut dire littéralement en basque Saint Jean de Garazi en raison de sa situation au pays de Cize.

Saint Jean Pied de Port se situe sur une route stratégique des Pyrénées, l'une des plus anciennes d'Europe, et fut traversée par Roncevaux entre autre. Elle fut la capitale du royaume de Navarre.

En 55 avant J.C., fut édifié un château fort détruit par Charles Quint en 1530.

Saint Jean Pied de Port naquit réellement vers le XIIème siècle (la ville neuve) et l'église Sainte Eulalie fut construite. La ville fut fortifiée au XIIIème siècle.

Au XIVème siècle, Saint Jean Pied de Port obtient l'autorisation d'organiser des foires et des marchés et devient, du coup, une étape importante pour les pèlerins en route sur le chemin de Compostelle.

Au XVème siècle, au moment du schisme d'Occident, l'évêque du pape d'Avignon y trouve refuge.

Au XVIème siècle, la guerre est déclarée par les Espagnols et ils assiègent Saint Jean Pied de Port.

La guerre des religions frappent Saint Jean Pied de Port et les catholiques sont repoussés en Espagne mais Henri III n'y impose pas le culte protestant.

Au XVIIème siècle, la citadelle fut érigée au sommet de la colline de Mendiguren dominant la Nive et de Béhérobie.

Saint Jean Pied de Port devient le témoin de nombreux conflits et quand Henri IV devient roi, il se proclame roi de France et de Navarre.

Au XVIIIème siècle, Saint Jean Pied de Port sera épargné par les guerres de la Révolution et de l'Empire.

Les Espagnols campent non loin de la ville se retirent après l'abdication de Napoléon Ier.

Au XIXème siècle, le chemin de fer arrive.

Aux XXème et XXIème siècles, la ville continue de prospérer et attirent un nombre important de touristes grâce à son emplacement et un patrimoine très riche.